Diecezja gdańska, która powstała w 1925 r., przez wiele lat nie miała własnego seminarium duchownego. Kapłani tej diecezji odbywali swoje studia filozoficzno-teologiczne w seminariach innych diecezji. Decyzję o powołaniu do życia Biskupiego Seminarium Duchownego i jego lokalizacji w pocysterskim klasztorze, przylegającym do Bazyliki Katedralnej w Oliwie, podjął ks. bp Edmund Nowicki. Prowadzenie Seminarium powierzył ks. bp Polskiej Prowincji Zgromadzenia Księży Misjonarzy Św. Wincentego a'Paulo.

26.04.1957 roku został ogłoszony komunikat o przyjmowaniu do Seminarium pierwszych kandydatów.

22.10.1957 roku 25 alumnów i 4 wychowawców rozpoczęło pierwszy rok akademicki. 27.10.1957 roku ks. bp. Edmund Nowicki dokonał uroczystej erekcji nowego Seminarium p. w. Chrystusa Króla. 04.01.1958 roku miało miejsce uroczyste poświęcenie Seminarium przez Prymasa Polski, ks. kard. Stefana Wyszyńskiego.

W celu umożliwienia alumnom ukończenia studiów filozoficzno-teologicznych ze stopniem magistra teologii Biskupie Seminarium Duchowne zawarło w 1973 roku umowę o współpracy z Papieskim Wydziałem Teologicznym w Poznaniu. Współpraca trwała do 1994 roku. W tym czasie 70% absolwentów Seminarium kończyło studia uzyskaniem stopnia magistra teologii.

W 1992 roku papież dokonał reorganizacji polskiej organizacji kościelnej. W jej wyniku diecezja gdańska został przekształcona w archidiecezję i powiększyła się terytorialnie i ilościowo. Zmieniona została również nazwa Seminarium z Biskupiego Seminarium Duchownego na Gdańskie Seminarium Duchowne.

W 1994 roku Gdańskie Seminarium Duchowne podpisało umowę o współpracy z Akademią Teologii Katolickiej w Warszawie. Alumni, kończący swoje studia w roku akademickim 1993/94, przedstawili swoje prace magisterskie już na Wydziale Teologicznym ATK w Warszawie. W roku 1999 ATK zostało przekształcone w Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego.

W 1998 roku, po 41 latach pracy księży misjonarzy w Gdańskim Seminarium Duchownym, ks. abp Tadeusz Gocłowski zarząd Seminarium przekazał w ręce księży diecezjalnych. Warto dodać, że w Seminarium pracują również siostry Szarytki.

Rok 1998/99 rozpoczął się w gruntownie odnowionych i zmodernizowanych budynkach. Odnowiono fasady wszystkich budynków, odmalowano kaplicę seminaryjną, refektarz, wyremontowano sale wykładowe, pokoje kleryckie i aulę seminaryjną. Uruchomiono nowoczesną pracownię komputerową.

W czerwcu 1999 roku Ojciec Święty w czasie swojego pobytu w Gdańsku mieszkał na terenie Seminarium w specjalnie przygotowanym apartamencie.

W roku 2007 Gdańskie Seminarium Duchowne obchodziło 50-lecie swojego istnienia. Z tej okazji powstała Jubileuszowa Strona Internetowa.